Dottorato di Ricerca in Biochimica e Biotecnologie

All’inizio del mio dottorato mi sono dedicata allo studio delle caratteristiche biofisiche e biochimiche dell’Apparato Fotosintetico ed ho aumentato le mie conoscenze di biochimica delle proteine collaborando a vari progetti del gruppo con l’incarico di progettare e realizzare esperimenti e di occuparmi della loro messa a punto e della risoluzione dei problemi. In questo periodo ho manifestato inoltre crescente interesse per la ricerca riguardo allo sfruttamento dell’energia solare attraverso la coltivazione di organismi fotosintetici e pertanto mi è stata data la possibilità di lavorare ad un progetto del gruppo che riguardava la produzione di biodiesel a partire da biomassa microalgale.

Schema del processo di produzione di biodiesel dalle microalghe

Grazie ad un corso per dottorandi riguardo ai sequenziatori di nuova generazione ed alle loro applicazioni tenuto dal Professor Valle, ho avuto l’idea di studiare il genoma e il trascrittoma dell’alga Nannochloropsis al fine di individuare i geni responsabili per l’accumulo dell’olio all’interno delle cellule e di produrre i dati necessari ad aprire una prospettiva di modificazione genetica di questo organismo. Nel 2009 ho iniziato a lavorare al sequenziamento del genoma e del trascrittoma di Nannochloropsis gaditana in stretta collaborazione con il gruppo del Professor Giorgio Valle e con il gruppo del Dottor Tomas Morosinotto.

cover of the paperback edition of the PhD thesis

I risultati delle mie ricerche sono stati la sequenza completa del genoma di Nannochloropsis gaditana assemblato quasi a livello dei singoli cromosomi e il profilo dell’espressione genica di Nannochloropsis gaditana in condizioni di accumulo di olio comparate con condizioni di crescita normale (poco olio all’interno delle cellule).

La descrizione completa dei miei esperimenti e dei risultati che hanno dato è riportata nella mia tesi di Dottorato.

A seguito dell’analisi dei dati genomici e tracsrittomici di N. gaditana ho descritto i dati e le mie conclusioni in una pubblicazione.

 

Inoltre, insieme ai ricercatori del team di Bioinformatica del CRIBI dell’Università di Padova ho lavorato al rilascio di una risorsa web per l’accesso e l’analisi dei dati del genoma di Nannochloropsis ed abbiamo anche aperto un blog per incoraggiare la comunicazione e la collaborazione fra gli scienziati che operano in questo campo della ricerca.

link to Nannochloropsis genome portal

Durante il mio Dottorato ho intrapreso una intensa attività di Didattica di Supporto per corsi di Biologia Molecolare, Biochimica e Genomica e mi è anche stata data la responsabilità di seguire vari studenti durante il loro internato di Laurea di Primo e Secondo livello.

 

Il mio Dottorato è stato caratterizzato da una vivida curiosità, da un impegno intenso e da tanta creatività. Nonostante questo penso di aver comunque fatto alcuni progressi verso l’acquisizione della capacità di bilanciare il gusto per la scoperta con la valutazione critica del rapporto costi benefici di un progetto e delle sue possibilità di realizzazione. Dal punto di vista più tecnico durante questo periodo ho acquisito delle competenze importanti di genomica e di bioinformatica.