A deep survey of alternative splicing in grape reveals changes in the splicing machinery related to tissue, stress condition and genotype
by Vitulo N, Forcato C, Corteggiani Carpinelli E, Telatin A, Campagna D, D’Angelo M, Zimbello R, Corso M, Vannozzi A, Bonghi C, Lucchin M and Valle G
Di cosa parla l’articolo
La pubblicazione riporta il sequenziamento degli RNA di 124 campioni di Vite ottenuti da vari genotipi diversi di Vite, da vari tessuti e da varie condizioni di crescita. Questi dati ci hanno consentito di migliorare la predizione genica disponibile per questo organismo e di aggiungere informazioni riguardo agli RNA regolatori. Inoltre siamo riusciti a determinare la presenza di trascritti alternativi ed a quantificare la loro espressione nei vari tessuti e genotipi. L’analisi ha messo in luce che dei possibili trascritti alternativi espressi nei vari campioni la quasi totalità è sempre rappresentata da una o due varianti e che quale sia la variante più espressa è determinato dal tessuto che stiamo esaminando e dal genotipo di appartenenza, mentre le diverse condizioni di crescita non sembrano avere un effetto sull’abbondanza delle varianti alternative.
